1959年1月15日，青海省人民委员会决定成立中科院青海分院，2月中国科学院通告确认了青海分院成立。当年10月开始筹建生物、化学、物理等研究所。1961年3月25日，经上级批准中国科学院青海分院生物研究所和化学研究所正式成立，于4月1日启用新印章。

　　1961年8月中科院青海分院的撤销，将两个研究所移交给青海省科委，随之于11月合并为青海省生物研究所。

　　1961年11月16日至25日由西北局科学技术筹备委员会在西安召开的西北地区科学技术机构调整工作座谈会决定，青海省生物研究所加强建设。并于1962年1月13日将研究所调整为西北高原生物研究所由中科院西北分院管理。

　　1962年4月25日，西北高原生物研究所向中科院西北分院上报《关于确定研究所名称的报告》拟改名为“中国科学院西北高原生物研究所”。1962年9月18日，由西北分院确认并颁发“中国科学院西北高原生物研究所”铜质印章一枚，从10月1日启用。

　　1962年青海农牧学院撤并，有40余名科研人员调入西北高原生物研究所。加强了研究所的科研力量。